La numérisation de lames entières par l’utilisation de scanners permet d’accéder à de gros volumes de données. L’analyse de ces données offre la promesse de quantification de processus biologiques à grande échelle. Toutefois, étant donnée la taille de ces données, des logiciels dédiés sont requis. Le logiciel libre QuPath a été créé précisément pour ce type d’analyse. Il peut charger des images acquises en lumière blanche comme des images de fluorescence, sans limite sur le nombre de canaux. Il permet une visualisation fluide des lames entières grâce à la prise en compte du format pyramidal. Il offre une grande variété d’annotations d’image avec une interface ergonomique. Il propose la déconvolution couleur des lames acquises en lumière blanche. QuPath intègre des outils d’apprentissage classique afin de réaliser une classification de pixels pour la segmentation de tissus. Il permet également l’utilisation d’outils d’apprentissage profond pour la segmentation de noyaux et de cellules, qui peut être suivi d’une classification d’objets afin d’obtenir un phénotypage des cellules. Enfin, QuPath propose des outils d’analyse spatiale par regroupement de données et calculs de distance.